紅薯在貯藏期間常發生爛窖，造成很大損失。引起爛窖的主要原因是:
　　１、收藏偏遲和薯皮損傷。紅薯是一種喜溫作物，在攝氏14℃以下就停止生長，如果收獲時大量挖傷或擦傷薯皮，就為病菌入侵打開了方便之門，這樣的紅薯入窖后就容易腐爛。
　　２、薯窖保溫條件差。如果紅薯窖挖得太淺，或進窖后覆蓋窖口過遲，或窖大而貯藏紅薯過少，或嚴冬季節經常開窖取食，使窖內熱氣保不住，紅薯多次遭低溫影響。
　　３、封窖過早換氣不夠。紅薯入窖前期，薯塊未進入休眠期，呼吸作用旺盛，溫度濕度迅速上升，如果封窖過早，或開窖換氣不夠，就會造成窖內高溫高濕，這樣軟腐病極易發生。
　　４、舊窖修整、消毒不好。凡貯藏過紅薯，且爛過窖的老薯窖，窖內都有大量的病菌存在。一旦窖內溫度低于９℃、濕度在95%時，病菌就很快侵入薯塊而造成“爛窖”損失。
　　防止貯薯爛窖的方法主要有：１．適時收獲，減少損傷。２．嚴格舊窖消毒。入窖前，要將窖內四周老土層清理出去，再用柴草熏燒15分鐘左右，并用高錳酸鉀或殺菌靈消毒劑噴灑進行消毒，然后在窖底撒一層新鮮生石灰、石灰上鋪一層沙土，分層堆放紅薯。３．適時封窖，注意通風保溫。入窖后15～20天內可不封窖，保持15～16℃，濕度80%～90%，這段時間要注意通風。此后為貯藏期，溫度控制在13至15℃為宜。嚴冬封窖后不要經常開窖，并防止雨雪入窖。