剛從膽囊或膽管中取出的牛黃，其表面或核體內腔常常附有一層黏液、血液或黏稠的膽汁等，應以吸水紙吸附或將其及時清除干凈，再用多層吸水紙輕輕包裹以備干燥處理。
牛黃干燥處理有兩種方式，即自然干燥和烘烤。自然干燥時，放于陰涼干燥通風處，使其內在水分逐漸向外蒸發，直至內外全部干透。切忌日光下直接曝曬，以防膽紅素氧化而變色。自然干燥處理的牛黃色澤鮮亮，形態完整不易龜裂，質量較好，但干燥所需時間較長，陰雨季節容易發霉變質，應注意防止。烘烤干燥通常是將牛黃放入40～50℃恒溫干燥箱內進行干燥處理，溫度不宜太高，否則將影響牛黃的色澤和牛黃質量。更不能將其放于火爐上直接烘烤。烘烤處理牛黃干燥較快，表面容易發生龜裂，天然牛黃塊容易破碎。
對于一些表面清理不干凈或干燥處理不當，表面色澤深暗的牛黃，可用硫磺熏蒸或通過其他氧化還原性藥物處理，使其有所改觀。
經以上處理完全干燥的天然牛黃，集中起來，即可出售。暫不出售的可裝入棕色瓶內或其他容器，密閉，置陰涼干燥處保存。
出售前應盡可能保持其塊狀物形態的完整性。培育牛黃干燥后應將牛黃從核體上完全取下來集中保存和出售。有時根據收購商的要求，將核體連帶牛黃完整保存，出售時待檢查驗收后再將牛黃從核體上取下。從核體上取下牛黃的方法是：將牛黃核體放于一內壁光滑的容器內，或在核體下鋪墊一大張紙，用鑷子或手輕輕按壓揉捏核體，使附著于核壁的牛黃破裂成塊狀脫落，不易脫落的牛黃再用器械刮取干凈。