商品鹿茸主要有兩種形式，一種是帶血鋸茸，不讓血流失，而保留在茸中，加工后的茸外觀顏色發暗，開條后血液濃厚、分布均勻，呈紅褐色而有光澤。另一種是排血鋸茸。這兩種商品茸的加工方法稍有差異。目前，帶血鋸茸無論從售價還是從藥用價值上都比排血鋸茸要高，因為茸血提取物與鹿茸提取物在物理、化學性質上基本一致，且茸血中含激素較高，此外，帶血茸比排血茸的蛋白質含量高。排血茸在加工中不僅使茸血反流，并且使茸角中的部分有效成分也隨血流失。因此，現在普遍加工的鹿茸是帶血鋸茸，只有極少數加工排血鋸茸。
(一)帶血茸加工
帶血鋸茸的加工技術要求嚴格，操作工藝復雜，要求加工者既要懂得加工規程，又必須認真謹慎，只有如此，才能加工出達到外銷標準的鹿茸。
1．封口登記 鋸下來的鮮茸，首先應將鋸口向上立放，防止茸血從鋸口流失。帶血茸在進一步加工之前還要進行封口，即保住茸內血不外流。封口保血的方法很多，一般采用燒紅的烙鐵燒烙鋸口。烙時先在鋸口上撤一層面粉，烙鐵不要燒得太紅，太紅容易烙糊，但不紅又烙封不住。也可以在鋸口上撒一層面粉用開水燙，這種方法封口效果較燒烙法稍差些。封口的主要目的是保血，只要茸血不往外流就行了。封口后煮炸加工前還要進行稱重、拴標、編號等，并做好記錄，有的還要測尺，然后根據茸重確定煮炸時間和次數。
2．洗刷茸皮 把經封血處理的茸角用35～40℃溫水浸濕的毛巾擦拭，以除去茸體表面的污物，但應注意不要損傷茸皮。若發現茸角有外傷、折損、淤血等情況時，要進行及時處理。外傷要進行縫合并涂上干面粉，有的還要用布帶包住傷口；折損處可以用針固定；淤血可以用溫濕毛巾熱敷5～10分鐘，使淤血散去。這樣一切都準備就緒后便可以進行煮炸加工。
3．煮炸與烘烤 煮炸鹿茸的程序極為精細，煮炸的目的是使鹿茸的蛋白質變性，破壞蛋白質碳鏈結構，增加茸體通透性，便于水分逸出，易干燥。同時使茸皮收縮排出皮血，使鹿茸顏色鮮亮，也可以起到殺菌防腐的作用。煮炸時一般用布帶將茸系住，用手提著煮炸。大型加工場，用煮茸架煮茸，將茸用布帶系好，以鐵夾夾住，掛在煮茸架上煮。
煮炸的時間視茸角的大小和老嫩程度而定。若加工一副 2 500克的帶血三杈鋸茸，將水燒至沸騰，入水前用手指擠壓茸皮，使血管暢通，然后將茸根朝下、頭朝上浸入水中，快速來回擺動，使茸皮受熱均勻。煮炸70～90秒后取出，放入1～4℃左右的冷水中，冷涼2分鐘。這樣連續煮炸冷涼3～4次。每次入水前都要仔細檢查虎口、茸頭有無傷口、喧皮、裂口等，若出現這些情況，應及時縫合或涂上蛋清面糊。最后一次煮炸至茸毛聳立、嗅茸有蛋黃香味時停炸。然后放在涼水中冷浸2～5小時，取出進行吹風干燥或自然干燥，第一水煮炸結束。
第二水在第二天進行，即進行回水加工，同樣在沸水中煮炸，然后冷涼，共重復3～4次。每次下水90～120秒，間隔2分鐘，見虎口有溢血時即停炸，最后吹風干燥。第三水在第三天進行，煮炸3～5次，煮炸時間每次為60～80秒，間隔2分鐘。感到有熟蛋黃香味，茸體有彈性時，結束第三水，風干。第三水結束后隔日進行第四水，過程同第三水。第四水結束后，若嘴頭、杈枝頂端不夠飽滿，茸表面有粘潮感時還要回水，每次用沸水煮炸茸尖，待柔軟時進行適當壓頂，以保證頂端、嘴頭均勻飽滿。
在初回水之后每次回水后的風干要放在通風的地方，風不易太大，以防茸皮干裂。同時要常檢查，防蟲蛀，若發現茸體濕潮發黏，要及時回水、烘烤，否則易引起糟皮和臭茸。
每次回水、風干后要進行烘烤。第二水后茸體放入烘箱烘干，鋸口朝上；第三水后烘干時鋸口朝下，使血色素在茸體內分布均勻，不至于一頭深一頭淺。每次烘烤時溫度在70～75℃左右，不得高于80℃，也不得低于60℃。高于80℃會使茸烤黑或烤烘不均勻，低于60℃時有可能滋生細菌。每次烘烤2～3小時，茸太嫩時，時間可以稍長一些，茸體干瘦、較老的可以相對短一些。陰雨天應加強烘烤，烘烤時要經常翻動，以保證烘烤均勻使血液均勻分布。頭兩天烘烤時要特別注意鼓皮，一旦發現則可以用針刺排放氣體。每次烘烤后要擦去茸表面的油污。另外，每次烘烤前要將烘箱溫度預熱到70～80℃時，才能將茸放入，以免成臭茸。
就整個煮炸加工過程來說，一般回水次數在13～15次左右。實踐證明，只要封好鋸口，再包扎一下，倒著下水煮炸，鋸口不會鉆水，而且這樣加工出的帶血茸，茸下段絕對富血；成品茸劈開檢查，成色好，含血均勻，深受顧客青睞；徹底克服了傳統的茸頭朝下加工使茸下段含血量較少之缺點。
4．煮頭 對經過以上加工程序后嘴頭不飽滿的鹿茸還可以隔日煮頭，每次煮茸尖4～6厘米處，時間以煮透為宜，即將茸頭煮軟，進而煮至較硬且稍有彈性為止，每次回水煮頭后，不用烘烤，懸掛自然風干，直到茸頭滿飽為止。
5．登記裝箱 干透的鹿茸，最后需要刷洗、裝箱。刷洗用軟毛刷沾溫肥皂水(40℃左右)或堿水刷洗表面，除去污垢，使茸體清潔，色澤艷麗。刷洗時鋸口、傷口不要進水，隨刷隨擦干，最后稱重登記，裝箱。
(二)排血茸的加工
1．登記 將采收的鮮茸進行編號、稱重、測尺、拴標、登記。
2．排血 即在水煮前機械性地排除茸體內血液的過程。方法是：用真空泵連接膠管和膠碗，將膠碗扣在鋸口上把茸內血液吸出。也可用打氣筒連接14～16號針頭，將針頭插入鹿茸尖部，通過空氣壓縮作用，使茸血從鋸口排出。
3．洗刷去污 用40℃左右的溫水或堿水浸泡鹿茸(鋸口勿進入)，并洗掉茸皮上的污物。在洗刷同時，用手指沿血管由上向下擠壓，排出余血。
4．水煮、烘烤與風干 第一次煮炸(即第一天煮炸)時，先將茸放在沸水中煮15～20秒(鋸口應露出水面)，然后取出檢查。茸皮有損傷時，可在損傷處涂蛋清面糊(雞蛋清與血粉調成糊狀)加以保護。以后反復多次進行水煮。根據鹿茸的大小、老嫩和茸皮抗水能力不同決定下水的次數和每次煮炸時間。二杠鋸茸第一次煮炸的下水次數為8～10次，每次下水25～50秒(水煮時間以50克鮮茸煮2秒為參考依據)，每次冷涼時間50～100秒(冷涼時間為水煮時間的2倍)；三杈鋸茸第一次煮炸的下水次數為7～10次，每次下水煮炸時間30～50秒(每50克鮮茸煮1秒)，間歇冷涼時間60～100秒。煮炸到鋸口排粉紅色血沫，茸毛直立，溝楞清晰，嗅之有熟蛋黃氣味時停止煮炸。擦干冷涼后放入70～75℃烘箱或烘房內烘烤2～3小時，然后取出于通風干燥處平放風干。
第二次煮炸(即第二天煮炸)加工時，操作程序、操作方法與第一次相同，下水次數與煮炸時間較第一次煮炸減少 10％～15％，煮至茸尖有彈性為止。然后取出擦干、烘烤、風干。
第三次煮炸(即第三天煮炸)時，入水深度可為全茸的 2／3，下水次數和煮炸時間較第二次煮炸略減一些，煮炸至茸尖由軟變硬，又由硬變軟，變為有彈性時為止。然后擦干、烘烤、風干。
第四次煮炸(第四天煮炸)時，入水深度為全茸的 1／2～1／3，下水次數與煮炸時間較第三次煮炸略減一些，煮炸至茸尖富有彈性為止。擦干、烘烤后懸掛風干。
5．煮頭 從第六天開始，隔日煮頭到全干為止。每次只煮茸尖部4～6厘米處，時間以煮透為宜。所謂煮透即指把茸尖煮軟，再煮得較硬而有彈性時為止。每次回水煮頭后，不用烘烤，懸掛風干即可。
6．頂頭 因二杠茸較嫩，含水分大，嘴頭易癟，頂頭加工能起美化作用。方法是：當二杠茸干燥至80％時，將茸頭煮軟后，在光滑平整的物體上頂壓茸頭，使之向前呈半圓形握拳狀。